리플리가 탄 우주선 안에 에이리언이 숨어들어 돌아다니다가 화재를 일으키자 이를 감지한 컴퓨터는 즉시 승무원의 동면유지 시스템을 차단한다. 그리고 이들을 비상탈출 캡슐로 옮겨 노동교도소 행성에 불시착 시키지만 에이리언도 탈출캡슐에 타고 있었다. 한편 죄수들은 유일한 생존자 리플리를 구조해내고, 리플리는 사망한 뉴트를 검시 해줄 것을 요구한다. 뉴트의 몸속에 에이리언의 새끼가 들어있지 않은가 해서이다. 검시결과 소녀의 몸에는 아무이상이 없는 것으로 판명되지만 리플리는 직접 자신을 진단, 자신의 몸속에 에이리언의 새끼가 있는 것을 발견한다. 계속되는 에이리언과의 싸움에 지친 리플리는 죽기로 작정하고 에이리언을 찾아가나 에이리언은 그녀의 몸속에 새끼가 있기 때문에 공격하지 않는다. 결국 구조대가 올 기미가 없...
